为适应农民专业合作组织的蓬勃发展，进一步规范合作社财务管理，金湖县突出创新，选择省、市示范专业合作社、享受财政项目扶持的合作社开展财务电算化，为合作社的内部管理创新出一套行之有效的途径。目前，全县已有31个农民专业合作社开展了财务电算化工作。
一是完善了会计核算功能。通过会计凭证的录入，能自动生成财务账簿和财务报表。及时提供详尽、系统的凭证、账簿、报表信息。原始凭证、会议记录、内部管理等资料，通过信息化管理，既便于公开查询，又加强了内部管理，提高了会计核算和会计分析效能。
二是强化了上级财政补助资金的管理。对上级财政补助形成财产的资金，通过财务软件管理，能按照《农民专业合作社财务管理制度》要求，平均量化到合作社每个成员，记载到成员账户中，增强了项目资金管理的透明性。金湖县万丰农机专业合作社2011年接受省财政补助资金19万元，按照项目实施方案，用于购置固定资产 万元，形成专项基金 万元，量化到153个成员账户中。保障了财政扶持资金安全运行，发挥了上级补助资金支持引导作用，同时得到了社员的普遍赞许和认可。
三是简化了成员盈余分配。财务软件通过记账凭证处理和应付盈余分配、剩余盈余分配方案的核算，按照合作社章程规定，可分配盈余不低于60%按成员与合作社的交易额比例返还到成员账户中。清晰完整地反映了社员与合作社的产品交易、盈余分配及所有经济往来，达到账实相符、账账相符，深得社员的信赖，增强了合作社的吸引力和凝聚力。
四是健全了内控管理机制。实行信息化管理后，合作社内部管理更加完善。成员花名册、公积金量化、成员出资、成员交易额、财政扶持资金量化等软件资料一应俱全，能够详细记载社员的出资情况、产品交易情况、收益分配情况。民主管理制度、盈余分配制度、财务管理制度等内控制度建立健全。
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